제주도는 5월 14일 국방부에 강정마을을 해군기지건설 최우선 후보지로 통보하였고, 국방부에서는 강정마을을 해군기지 건설지역으로 결정했다는 내용을 제주도에 공문으로 답하였다.

이 사실이 강정마을 지역주민들에게 알려지면서 지역주민들은 자신들의 의사와 상관없이 해군기지유치가 결정된 것에 대하여 반발하였고, 이에 따른 반대대책위를 구성하였다.

강정마을의 해군기지 유치 신청에 대하여 주민들의 찬성과 반대의 갈등이 첨예하게 대립되어 오던 차에 지난 19일 마을총회를 열어 주민투표로 군사기지 유치에 관한 찬/반 투표를 하기로 되어 있었다.

이날 마을총회에는 마을 주민 1400명 중 600~700여명이 해군기지 찬/반투표를 위해서 의례회관에 모였다.
강정반대대책위에서는 애초에 찬성 측에서 지난 4월 26일 “해군기지관련 건”이라는 모호한 이름으로 총회를 소집하였고, 더구나 마을향약에 규정된 총회공고기간을(7일로 규정되었으나 5일간 공고) 어긴 채, 80명의 사람들이 모인 자리에서 유치결정을 한 것에 문제를 삼았다.

그러나 정작 찬성 측에서는 이 총회가 “공정성이 결여된 불법총회”라고 하면서 몸싸움을 일으키다가, 심지어 기표소를 부수고 투표함을 탈취해 도주하기까지 하였다.

주민들의 요청으로 투표함을 다시 제작하여 주민투표를 실시하려 하였으나, 찬성측의 반대로 주민투표는 무산되고 말았다.

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도민반대대책위는 제주도는 강정지역주민들의 의사와는 상관없이, 지역과 이해관계를 달리하는 1,500명의 불특정 도민들의 여론조사로 강정지역에 유치를 결정했고, 90%의 조사자들이 해군기지건설의 문제에 대하여 충분히 인지하지 못한 채 여론조사에 응한 점을 지적하였다. 또한, 도민대책위에서는 마을총회무산과 관련하여 공무원들이 개입하여 지역주민간의 갈등을 조장했다는 의혹을 제기하였다.